С началом Великой Отечественной войны некоторые сотрудники ПЭК ВЭС сразу же были призваны в Красную Армию. Утром б июля сотрудникам ПЭК ВЭС объявили о том, что начался призыв в народное ополчение Москвы. В 12 часов выдали зарплату, и все сотрудники конторы, способные носить оружие, около 30 человек, отправились на сборный пункт полка, находившийся в средней школе на Смоленской площади. Стали в очередь и записались в общую книгу регистрации ополченцев - добровольцев Киевского райкома партии. Личных заявлений тогда не было. В частности, в народное ополчение ушли Н. Н. Смирнов, Ю. В. Кондратюк, А. И. Антошечкин, И. Н. Васильев, Б. И. Романенко, А. И. Сапко.
Контора ПЭК ВЭС административно входила в состав треста Волгоэлектросетьстрой, который территориально размещался в Киевском районе Москвы. Поэтому сотрудники ПЭК ВЭС вошли в состав дивизии народного ополчения Киевского района Москвы. В тот день Ю. В. Кондратюк успел побывать на своей квартире и попрощаться с соседкой Д. И. Балгаевой, нанести прощальный визит О. Н. Горчаковой - супруге П. К. Горчакова.
Почти все сотрудники ПЭК ВЭС были зачислены в роту связи стрелкового полка дивизии, и только один Б. И. Романенко был назначен как офицер-артиллерист командиром огневого взвода полковой противотанковой батареи.
Поздно вечером того же дня полк построили в колонну по четыре и по Можайскому шоссе пошли на запад, навстречу быстро приближающемуся фронту.
Колонны шли всю ночь и прибыли в деревню Перхушково в пригороде Москвы, где, собственно, и началось формирование дивизии. Сначала формировались только три стрелковых полка, штаб дивизии со службами и спецподразделения. В то летнее утро все начиналось с нуля: не было ни кружек, ни ложек, да они пока и не нужны были, так как есть и пить было нечего. К концу дня стали прибывать грузовики с продовольствием, в последующие дни стало понемногу и некомплектно поступать обмундирование. Через пару дней командный состав отправили в лагеря на переподготовку.
Однако к обеду первого же дня по радио было передано сообщение Совинформбюро о появлении Смоленского направления. Сразу же был отменен лагерный сбор, и комсостав срочно вернулся в расположение своей дивизии. После прибытия комсостава в расположение формирующейся дивизии она начала продвигаться навстречу фронту. Постепенно налаживалось питание, небольшими партиями нас догоняло некомплектное обмундирование, снаряжение и вооружение, этот процесс не закончился до самого начала боевых действий.
Примерно в середине августа наша дивизия после очередного броска по тревоге сосредоточилась на торфяниках северо-восточнее города Кирова Смоленской области (ныне Калужской). Продолжалось укомплектование частей и спецподразделений по штатам армейских дивизий военного времени.
Был сформирован сначала артдивизион, а позже на его основе артполк, а Киевская ополченческая дивизия стала называться 21-я дивизия народного ополчения города Москвы.
Вечером 30 сентября 1941 г. меня, младшего лейтенанта Б. И. Романенко, срочно вызвали с огневых позиций, занимаемых взводом восточнее деревень Большие и Малые Желтоухи, в штаб стрелкового полка, где я встретился с Ю. В. Кондратюком. Он был на боевом посту у штаба полка и поддерживал связь между штабом полка и командным пунктом одного из батальонов. Мы были рады встрече, тем более что уже более месяца не встречались, находясь каждый в расположении своих боевых подразделений. Это была наша последняя встреча.
2 октября 1941 г. на рассвете фашистские захватчики предприняли генеральное наступление на Москву. Прорвав 2 октября Западный фронт на рубеже реки Десны, фашистские танки уже 3 октября 1941 г. вошли в соприкосновение с боевыми порядками дивизии. Против нее была брошена многочисленная авиация и сотни танков в сопровождении мотопехоты. Не имея ни одного танка, ни одного самолета, дивизия грудью, в прямом смысле этого слова, отстаивала каждую пядь нашей священной Родины, преграждая путь фашистским полчищам к Москве.
Ожесточенный бой дивизии 3 октября 1941 г. длился до поздней ночи. В тот же день во время одного из боев была повреждена проводная телефонная связь между одним из батальонов и штабом полка. Ю. В. Кондратюк, находившийся в тот день на боевом посту, поднялся и пошел отыскивать место обрыва телефонного провода. В этом бою он погиб.
В городе Кирове Калужской области на воинском кладбище, что на улице Красный Бор, на памятнике высечено и имя Юрия Васильевича Кондратюка - красноармейца роты связи («гения в обмотках», как сказал о нем Олесь Гончар).
Судьба распорядилась так, что прах двух великих теоретиков космонавтики - К. Э. Циолковского и Ю. В. Кондратюка - покоится на священной калужской земле.